故事发生在一艘名为“契约”的殖民太空船之上，飞船上搭载了两千名进入沉睡的殖民者，他们的目的地是遥远的欧米伽六号行星，希望能够在那里建立新的家园。一场意外的发生令契约号的能量收集帆遭到了破坏，船长布兰森（詹姆斯·弗兰科 James Franco 饰）亦不幸身亡。作为代理船长的欧朗（比利·克鲁德普 Billy Crudup 饰）带领着惊恐而又悲伤的船员们降落到了一颗未知的神秘星球上。 　　在这里，他们遇见了仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰），大卫热情的接纳了人类的到来，并讲述了他和已故的肖博士（劳米·拉佩斯 Noomi Rapace 饰）在这里生活的经历。就在大卫渐渐赢得了船员们的信任的同时，大家已经一步一步的走入了前者为他们精心打造的地狱之中。

《异形：契约》故事设定在2012年的影片《普罗米修斯》事件十年之后，回归到导演充满开创性史诗的源头。除了太空、行星户外环境、遗弃城市与其内部景观外，充满远见的导演将缓缓地揭露所有异形之母——第一部中知名异形的神秘起源，并让新种异形与新女英雄上演撕心裂肺的大战。此次，雷德利为了回归到异形充满开创性史诗的源头，新种异形参考已逝的瑞士超现实主义画家H.R. 吉格尔狂野的作品，同时也参照了有着半透明皮肤和铰链般的下颚的深海掠夺者哥布林鲨。除了异形卵、破胸体、抱脸体和完全长大的异形成熟体之外，作为异形之母，新种异形需要以混合或交配的形式捕捉一个人类生命，这种致命生物令人惊惧地首次亮相， 而强悍女主角丹尼尔丝所面对的恐怖威胁，依旧是一场崭新的体验，甚至是经典的异形成熟体终于回归的高潮一刻  。 2015年8月，史考特证实他开始为影片进行勘景，2015年10月，澳洲政府表示《雷神3：诸神黄昏》和《异形：圣约》在澳洲开拍，并且为电影计划提供总计4725万澳币（约3400万美金）的资金，在澳大利亚福斯片场拍摄了74天。2016年3月28日，20世纪福克斯公司的子公司沃兹制作有限公司，前往了新西兰蒂阿瑙进行场地视察并且在菲奥德兰进行外景拍摄。 为了扩大契约号内部的幽闭恐惧感，美术设计克里斯·西格和他的团队刻意将天花板压低，让走廊被黑暗所笼罩。对导演斯科特而言，让舰桥具有实用机能非常重要，他希望替演员制造一种真实质感的体验。为此，美术设计团队安装了1500个线路，让每一个开关和仪表能产生作用。